Natura 2000
Pojem Natura 2000 označuje soustavu chráněných území, která k ochraně biodiverzity na svých územích vytvářejí členské státy Evropské unie na základě směrnic 79/409/EHS, o ochraně volně žijících ptáků (směrnice o ptácích), a 92/43/EHS, o ochraně přírodních stanovišť, volně žijících živočichů a planě rostoucích rostlin (směrnice o stanovištích).
Ochrany motýlů a dalších bezobratlých se týká směrnice o stanovištích, podle níž byly v ČR vyhlášeny takzvané Evropsky významné lokality k ochraně přírodních stanovišť uvedených v příloze I. a stanovišť druhů rostlin a živočichů uvedených v příloze II. Příloha IV. navíc vymezuje druhy, u nichž je vyžadována přísná ochrana.
Přeloženo do normálního jazyka, u druhů z přílohy II. je dána povinnost zajistit ochranu míst jejich výskytu a udržování příznivých podmínek pro jejich výskyt. V praxi to znamená asi tolik, že pro dané území musí být zpracován plán péče, který zohledňuje potřeby zájmového druhu, a musí být pochopitelně zajištěna jeho realizace, a zároveň nesmí dojít k narušení těchto stanovišť (zemědělskou činností, výstavbou, jinými aktivitami), které by mohlo zájmové druhy ohrozit. Činnosti, které na zájmové druhy nemají negativní vliv, tj. například sběr lesních plodů či ekologicky šetrné zemědělství, zakázány apriori nejsou.
Druhy uvedené v příloze IV. jsou chráněné zákonem, je tedy pod hrozbou sankcí zakázán jejich odchyt, chov, usmrcování a podobně, včetně ničení jejich míst výskytu, bez ohledu na to, zda se jedinec daného druhu zrovna nachází v přírodní rezervaci, nebo třeba na něčí zahradě.
Druhy motýlů vyskytující se na území České republiky uvedené v příloze II. (stanovištní ochrana) směrnice o stanovištích (stav k 1. 1. 2007):
Callimorpha quadripunctaria (přástevník
kostivalový)*
† Colias myrmidone (žluťásek barvoměnný)
Eriogaster catax (bourovec trnkový)
Euphydryas aurinia (hnědásek
chrastavcový)*
Hypodryas maturna (hnědásek osikový)
† Leptidea morsei (bělásek východní)
Lycaena dispar (ohniváček černočárný)
Lycaena helle (ohniváček rdesnový)
Maculinea nausithous (modrásek
bahenní)
Maculinea teleius (modrásek očkovaný)
† Polyommatus eroides (modrásek stepní)
S výjimkou druhů označených hvězdičkou, přástevníka kostivalového a hnědáska chrastavcového, jsou tyto druhy zároveň uvedeny i v příloze IV.
Druhy motýlů vyskytující se na území České republiky uvedené v příloze IV. (přísná ochrana) směrnice o stanovištích (stav k 1. 1. 2007) - pouze druhy neuvedené v příloze II.:
† Coenonympha hero (okáč hnědý)
Erebia sudetica (okáč menší)
Lopinga achine (okáč jílkový)
Maculinea arion (modrásek černoskvrnný)
Parnassius apollo (jasoň červenooký)
Parnassius mnemosyne (jasoň dymnivkový)
Proserpinus proserpina (lišaj pupalkový)
Zerynthia polyxena (pestrokřídlec
podražcový)
† označuje druhy v ČR dříve se vyskytující, dnes již vyhynulé.
Všechny druhy z příloh II. a IV. bývají souhrnně označovány jako druhy "naturové" a ČR je podle směrnice o stanovištích povinná, vedle zajištění příslušného způsobu ochrany, monitorovat jejich výskyt na svém území.

Okáč jílkový - kriticky ohrožený denní motýl světlých nížinných lesů přežívající v ČR v poslední populaci na jižní Moravě. Jinde již padl za oběť intenzivnímu lesnímu hospodaření

Hnědásek osikový - taktéž kriticky ohrožený druh, vázaný na pařeziny s mladými jasany a bohatým bylinným podrostem. Poslední populace v ČR žije v Polabí.

Ohniváček rdesnový - příčinou mizení tohoto motýla je zánik vhodných biotopů, vlhkých luk s porosty rdesna hadího kořene. V ČR žije jediná introdukovaná populace na Šumavě.

Pestrokřídlec podražcový - na rozdíl od výše zmíněných druhů prožívá na počátku 21. století období expanze. Ta je možná díky šíření živné rostliny, podražce křovištního, a teplému klimatu posledních let.